RNA的测序原理及方法！^~^

next generation sequencing就直接测RNA，传统的还是先转cDNA，原因么应该是rna比较脆弱啦。。。cDNA比较稳定。不过弊端还是很多的比方一个很突出的就是3’端bias。。

所以现在有了next generation 的rna seq。原理是一样的不过就是直接测RNA了。
third generation里边就开始测single molecule了，像前两天ibm说的那样哈哈。。。。。

DNA和RNA的测序方法

DNA或RNA碱基序列测定方法，包括步骤：
1）将DNA或RNA单链固定于平面支持物上；
2）将一束激光聚焦于一条固定化的单链上；
3）通过加入含有（i）用于合成DNA互补链的腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、胸腺嘧啶四种核苷酸的混合物或用于合成RNA互补链的腺嘌呤、胞嘧啶、鸟嘌呤、尿嘧啶四种核苷酸的混合物和（ii）一种聚合酶的溶液，用来产生上述被固定的、被聚焦的单链的DNA或RNA互补链，插入到互补链中的每一个被发光标记物标记了的核苷酸用单分子检测器进行检测，以及在下一个被发光标记物标记的核苷酸插入之前对前一个被发光标记物标记的核苷酸的发光信号进行检测。

细胞中的RNA可以分为信使RNA、转运RNA和核糖体RNA三大类，不同组织总RNA提取的实质就是将细胞裂解，释放出RNA，并通过不同方式去除蛋白，DNA等杂质，最终获得高纯度RNA产物的过程。

RNA 提取流程
1. 样品处理
从各种不同来源样品（如细菌、酵母、血液、动物组织、植物组织和培养细胞）,或同一来源样品的不同组织（如植物幼嫩叶片、成熟根、茎等）中提取高质量的RNA，因细胞结构及所含的成分不同，样品预处理的方式也各有差异。
样品的要求：
最好使用新鲜的样品或取样后立即在低温（-20℃或-70℃）冷冻保存的样品，避免反复冻融，因为这会导致提取的RNA降解和提取量下降。
样品预处理方式：
植物材料-液氮研磨
动物材料-匀浆、液氮研磨
细菌-溶菌酶破壁
酵母-液氮研磨、玻璃珠处理、混合酶破壁
2. 细胞裂解
异硫氰酸胍/苯酚法（TRIZOL）<